I frati Cappuccini di San Giovanni Rotondo avevano l’esigenza di accogliere in una aula liturgica quanti si recavano in pellegrinaggio nei luoghi in cui aveva vissuto Padre Pio. L’area destinata alla nuova chiese si trova su un promontorio nei pressi del monastero dei Cappuccini con vicina l’antica chiesa e la Casa Sollievo della Sofferenza ; l’aula nuova è raggiungibile percorrendo una strada costeggiata da un muro e da un infilata di campane, una sorta di cammino processionale per richiamare i fedeli a riunirsi nel sagrato triangolare antistante, capace di ospitare oltre 3000 fedeli.
La facciata è in vetro, apribile in modo che i fedeli possano assistere alla funzioni senza entrare.
Lo spazio chiuso può ospitare quasi 6000 fedeli e la struttura è costituita da una raggiera di grandi archi che reggono il tetto, realizzati accostando oltre mille conci di pietra locale.